屋面防水设置保护层对大部分防水材料是必不可少的，保护层的作用既可防止上部园林施工对防水层的损坏，还能防止植物根系对防水层的破坏。保护层的设置，可采用20～30 mm厚水泥砂浆，也可选用聚苯板等软质保温材料。塑料排水板有兼作保护层的作用，是一种重量轻、效果好、施工方便的好材料。倒置式保温防水屋面的保护层可以取消。
　　对于有可能受根系破坏的防水层，其保护层必须选用塑料排水板之类的耐根系材料；对厚质PVC防水板或聚乙烯板，在检测其有足够的抗穿刺能力时，可不设保护层。